По данным государственного водного реестра России относится к Верхнеобскому бассейновому округу, водохозяйственный участок реки - Бия, речной подбассейн реки - Бия и Катунь. Речной бассейн реки - (Верхняя) Обь до впадения Иртыша.
Нужно отметить, что исток реки Каракокша по разным данным имеет разное местоположение, соответственно и длина реки разная. По топографическим картам Генштаба СССР Каракокша имеет куда большую длину (верхняя карта). По данным ГГЦ РФ часть Каракокши в верхнем течении является другими реками (Cарысаз и Карагу). По этим данным река Каракокша образуется слиянием рек Карагу и Байоюк. Для полноты сведений о реке приведем оба варианта. Второй вариант обозначен на нижней карте (точка слияния Карагу и Байоюк отмечена красным цветом). Чтобы не запутаться будем называть реку с добавлением варианта (старый вариант - полная длина реки, новый вариант - усеченная длина реки).
Река берет свое начало (старый вариант) в заболоченном месте на северо-западном склоне горы Кара хребта Иолго на высоте примерно 1770 метров и течет в верхнем течении в северо-восточном направлении преимущественно, затем у подножья горы Балтырган меняет направление на северо-западное, а после впадения в нее реки Байоюк на высоте 1081 м (начало Каракокши в новом варианте) течет преимущественно на север.
Река имеет значительное количество притоков - Сурдин и Улуоду (только в старом варианте), а также Байоюк, Саганы, Угул, Кылай, Имантушка, Бельга, Тушта, Юрташ, Курали, Богучак и множество ручьев.
Устье Каракокши находится на северо-западной окраине села Каракокша на высоте примерно 530 метров.
Вдоль реки в среднем и нижнем ее течении существует вполне неплохая гравийная дорога от села Каракокша до устья реки Саганы. Дальше устья Саганы тоже есть дорога, но весьма недолго и дорога мало эксплуатируемая каменно-грунтовая.
22 февраля 2003 года на подъезде к селу Манжерок (Республика Алтай) произошла автомобильная авария, в которой погиб мэр города Барнаул Владимир Баварин и была травмирована его жена
