Название села - производное от Чаган-Оозы (устье реки Чаган). На юго-восточной оконечности села в Чую впадает река Чаган-Узун. Само слово "чаган" в алтайском языке имеет два значения: 1) жалящий; 2) самый холодный месяц года (Ойротско-русский словарь под ред. Баскакова, Государственное издательство иностранных и национальных словарей 1947 г.). Таким образом, Чаган-Узун можно перевести как "устье жалящей реки" или "устье холодной реки".
Иное толкование названия Чаган-Узун представил известный исследователь Алтая Виктор Иванович Верещагин. В 1908 году он писал.: «Близ Балгаша река Чуя принимает с левой стороны большую реку Чеган-Узун с мутно-белой водой. Правильное название этой реки, как мне говорили проводники и как подтвердил местный инородец, учившийся в катехизаторской, бийской школе Никифоров, знающий монгольский язык, не Чеган-Узун, a Чеган-усу, что по-монгольски обозначает «белая вода», как это и отметил ещё Чихачев («Путешествие в Восточный Алтай и пограничные места с Китаем, 1845, Paris). Следовательно, в данном случае монгольское «усу» по созвучно переделано в алтайское «узун» длинный. Чеган (белый) - чисто монгольское слово, которому на языке алтайцев соответствует слово «ак»), что Чихачев не верно переводит название этой реки. Ведь соединение двух слов: монгольского «чеган» и алтайского «узун» в одно название неестественно. Монгольские же названия в этих местах вообще очень обыкновенны…». Однако, данное толкование может быть "притянуто", так как "белый" по-монгольски - "цаган", а вода по-многольски - "ус", таким образом "белая вода" по-монгольски будет звучать как "цаган ус", а не "чеган усу".
В устье ущелья Чаган-Узун на правом берегу обнаружены так называемые сухие водопады - округлые котлы и ванны, выбитые по каньонообразному руслу, очевидно, катастрофическими водными потоками из прорвавшихся ледниково-подпрудных озер. В протерозойское время (примерно 1500 млн. лет тому назад) возникает широкое подводное поднятие, вытянутое (в современной географии) от района села Чаган-Узун через села Курай, Акташ, в верховье реки Кадрин, в район сел Эдиган, Чепош, Манжерок, Майма и далее на север в район горы Ажей, села Дмитриевка, а затем в Горную Шорию.
На склонах устьевой части долины реки Чаган-Узун отчетливо видны лестницы озерных террас - следы поднятий и опусканий около 25-30 тыс. лет назад длинного и узкого залива крупнейшего в горах Алтая Чуйского ледниково-подпрудного озера. Особенности строения озера можно проследить в рисунке ленточных глин.
В километре восточнее села находится источник Чаган-Узунский, который выделяется значительным содержанием кальция (112 мг/л), приближаясь по этому показателю к «Ессентукам-17». Расположен в скальном выступе южного отрога Курайского хребта. Выход воды образует несколько потоков, суммарной шириной около 15 м. Основной выход источника из железной трубы. Местные жители используют источник для лечения глаз.
У подножья гор в Чаган-Узуне найдены следы добычи металлов (орудия древних рудокопов, куски шлака и железной руды).
Окрестности села в долине реки Чуя и в устье реки Чаган-Узун покрыты лесом, преимущественно лиственным, основу которого составляют тополь и осина.. Окражающие горы лишь на северо-западе от села имеют лесной покров с преобладанием ели и лиственницы.
Село в долине Чуи оказывается как-бы между двух хребтов - Курайского на севере и Северо-Чуйского на юге. Высоты окружающих гор колеблются от 1950 до 3350 метров.
Об истории села известно немного.
Русский ботаник и географ, путешественник В. В. Сапожников в своих исследованиях этих мест отмечает: «Население средней долины Чеган-узуна очень бедно; здесь я видел только два аила на левой стороне».
Сибирский публицист, писатель и общественный деятель, исследователь Сибири и Центральной Азии Н. М. Ядринцев пишет в журнале «Исторический вестник» за 1885 г. про чуйскую дючину на реке Чаган-Узун: «По словам купцов Хабаровых, отмеченных в записках бийских купцов, предки их отправлялись в Алтай зимою и выходили пешком на лыжах до местности, где ныне находятся селения Алтайской волости, а отсюда выезжали верхами в горы до урочища Чаган-Узун и, наконец, в вершины реки Чу. Выгоды тогдашней торговли доходили до самых огромных размеров, так что рассказы о них кажутся баснословными. Те же купцы Хабаровы утверждают, что пращур их, отправляясь в Алтай, брал с собою товаров на 400 или 500 руб. ассигнациями, в том числе множество ничтожных безделушек и, доехав до Чаган-Узун, находящийся на 15 верст ближе лавок русских купцов от Бийска, на пути наменивал, кроме других товаров, такое огромное количество соболей, что оно едва вмещалось во вьючную суму. Следовательно, прибыль получалась в трое или четверо более против стоимости товара».
Известно, что «у крупных скотоводов Чуйской степи, ныне Кош-Агачский аймак, айбычи (в Улаганском районе закрепощенные алтайцы, подобные описанным кулам, назывались айбычи и жили они у бая чаще всего на положении усыновленных) участвовали в грабительских набегах через границу, угоняя чужой скот. Например, бай Сама (из сеока Тонгжоан), живший в Чаган-Узуне (Кош-Агачский аймак), славился своими набегами на монголов».
Население Чаган-Узуна составляли теленгиты. «В пятидесятых годах XVIII столетия в Джунгарском ханстве начались политические междоусобия, казаки совершали набеги на Джунгарию, проникали в глубь Алтая (до pек Чуи и Катуни), брали алтайцев в плен и уводили в свои степи в качестве рабов. Эти рабы из алтайцев были известны у казаков под названием «теленгут». Название алтайского племени «теленгит» обратилось в нарицательное название для раба. И до самой Октябрьской революции крепостные казахских монапов, потомки рабов из алтайцев, носили название «теленгут».
Перепись населения 1926 года по Ойратской автономной области сообщает, что в Чаган-Узунском сельсовете число дворов по сельсовету составляло: 202 крестьянских и 9 – прочих. Проживало на тот момент 381 мужчина и 157 женщин. К Чаган-Узунскому сельсовету были приписаны урочища Каракем, Ядыгем, Чаган-Узун (50 крестьянских дворов, 87 мужчин и 132 женщины), Яйлагаш, Кара-Ойык, Ак-Кол, Кызыл-Шип, Ак-Кая, Адыр-Тöргöн, Талтура и школа-интернат.
Один из студентов Томского технологического института, будущий геолог Виктор Александрович Пышкин, познакомившись с картиной Г.И. Гуркина "Озеро горных духов", высказал предположение, что, вероятно, в районе этого озера находятся большие залежи ртути, которые испаряются, а в яркие солнечные дни дают необыкновенно яркое свечение.
В дальнейшем, уже будучи геологом, Виктор Александрович исследовал район озера и в 1931 г. подтвердил свое предположение, партией геолога вблизи устья левого притока реки Чуи, Чаган-Узуна, были обнаружены коренные выходы белых карбонатовых пород с вкраплениями киновари. Выхода располагались полосою северо-западного простирания и прослеживались на несколько километров. Химический анализ отдельных штуфов показал, кроме содержания киновари, присутствие в небольшом количестве серебро и цинк.
Министерство геологии РСФСР приказом от 9 сентября 1970 года признало В.А.Пышкина первооткрывателем ртути на Алтае. Работы по добыче ртути велись в три этапа: 1934-1936 гг., 1942-1954 гг., 1958-1978 гг. 28 августа 1935 г. обсуждалось состояние геолого-разведочных работ по ртути в Кош-Агачском районе. Были одобрены меры о направлении 50 человек со снаряжением и транспортом в район Чаган-Узунского месторождения ртути и о закреплении на руднике 35 лучших колхозников-алтайцев. (ПАГАО, ф. 1, оп. 1, д. 862, л. 67). 7 октября 1941 г.принято постановление «Об освоении Чаган-Узунского и Акташского ртутных месторождений». В кратчайший срок обеспечена добыча металла, в ноябре была получена первая ртуть. Полугодовую программу 1942 года рудник выполнил к 1 мая. (ПАГАО, ф. 1, оп. 2, д. 8, л. 28, 188, д. 109. л. 22).
В 2003 году в результате землятресения село достаточно сильно пострадало, но было восстановлено, однако и сейчас в селе можно увидеть следы земляторесения.
Устье Чаган-Узун
26 декабря 2006 г. в селе состоялось открытие здания новой школы. Школе присвоено имя Полины Ивановны Оськиной, которая более 20 лет проработала директором этой школы. Школа имеет новую котельную с современным оборудованием, а главная ее гордость - это прекрасный спортивный зал, который носит имя знаменитого земляка М.Каланакова - мастера спорта СССР по классической борьбе.
Проехать к селу очень просто, нужно следовать по Чуйскому тракту и он приведет вас к селу (864-й км М52). На всем протяжении Чуйский тракт иммет асфальтовое покрытие.
У алтайцев существовал культ тёсей — семейных и родовых покровителей, воплощением которых считались их изображения. Этим изображениям молились и, чтобы задобрить тёсей, имитировали их кормление. Большинство обрядовых действий совершалось при участии шамана
