По данным государственного водного реестра России относится к Верхнеобскому бассейновому округу, водохозяйственный участок реки - Бия, речной подбассейн реки - Бия и Катунь. Речной бассейн реки - (Верхняя) Обь до впадения Иртыша.
Байоюк - достаточно маленькая река по протяженности. Река примечательна тем, что вытекает практически из всех Байоюкских озер, количество которых (в зависимости от времени года) может варьироваться от 8 до 15, так как в жаркое время некоторые озера, не имея подпитки, могут пересыхать полностью.
Река имеет незначительное количество притоков, все из которых мелкие ручьи. Почти вся долина реки (за исключением верховий) имеет густой лес, основу которого составляют кедр и пихта.
К реке практически нельзя попасть на автомобиле, хотя прецеденты прохода есть. В 2011 году был проход в рамках экспедиции "Оськин-Трофи" по урочищу Сарысаз, от урочища вверх к одному из истоков реки есть тропа, которую можно попробовать пройти и на автомобиле, но затея эта опасная, просим при такой попытке взвешивать риски.
В начале 30-х, когда Сталин начал коллективизацию, и скот стали отбирать даже у кочевников и полукочевников — казахов, тысячи из них — из Восточного Казахстана, стали уходить в китайский Синьцзян — с имуществом и скотом. Толпы людей с повозками и домашними животными поднимались по Бухтарме на Укок и через перевалы Канас и Бетсу-Канас — шли в Китай. До 1936 года советская власть не препятствовала массовому исходу казахов. Но в 1936 году решено было его пресечь. И в один день на перевале Канас был расстрелян целый казахский род (предположительно, несколько сотен человек). Старики в Джазаторе говорят, что воды Ак-Алахи три дня были красными от крови
