Малая Кузя - река в Чойском районеРеспублики Алтай. Устье реки находится в 14 км по правому берегу реки Кузя. Длина реки составляет 17 км.
По данным государственного водного реестра России относится к Верхнеобскому бассейновому округу, водохозяйственный участок реки - Бия, речной подбассейн реки - Бия и Катунь. Речной бассейн реки - (Верхняя) Обь до впадения Иртыша.
Река Берет свое начало на юго-западном склоне горы Беличек на высоте 1670 метров и течет преимущественно в северо-западном направлени вбирая в себя мелкие ручьи и реки Тарбула и Таштарган.
Соединяясь в устье с рекой Большая Кузя образует реку Кузя ны высоте 610 метров. Кроме истока на всем протяжении реки берега ее лесисты и состоят преимущественно из кедра, пихты и березы.
Вдоль реки в среднем и нижнем ее течении существует дорога достаточно непростая для обычных автомобилей. Подъехать к реке Малая Кузя можно от села Каракокша.