Высушенную и свежую ромашку аптечную применяют в медицине: (отвары, экстракты) — как противовоспалительное, слабое антисептическое и вяжущее средство, наружно — для полосканий, примочек и ванн. Ромашка принимается внутрь в виде чая (традиционное английское домашнее средство) или настоя, её используют при спазмах кишечника, метеоризме и поносах, а также как потогонное средство. Препараты — Рекутан, Ротокан. Настоем ромашки ополаскивают волосы для придания им золотистого оттенка.
Эфирное масло ромашки аптечной («немецкая ромашка») применяется в ароматерапии, чаще — как успокаивающее средство.