На месте современного Чуйского тракта долгое время находился так называемый Мунгальский тракт, упоминания о котором содержатся еще в китайских хрониках тысячелетней давности. Им с древних времен пользовались торговцы и воины. В течение 1860 - 1890 годов рассматривалось несколько вариантов строительства дороги на месте караванной тропы. Наконец летом 1901 года началось строительство Чуйского тракта. Оно осуществлялось на средства комитета Сибирской железной дороги и пожертвования купцов. Расчетная ширина дороги была 3,5 метра, а на бомах - 2,5 метра. Подряд на строительство получили крестьяне местных сел.
С 20-х годов ХХ века дорога постепенно улучшается и уже в 1925 году автомобили Госторга и акционерного общества "Шерсть" впервые совершили семь рейсов по всей трассе от Бийска до Кош-Агача.
В 1931 году тракт выровняли и покрыли гравием, вместо опасных паромных переправ были сооружены первые мосты через Катунь. Все работы по строительству тракта в довоенный период осуществлялись местными жителями и заключенными. Строительство шло в тяжелых природно-климатических условиях, основными орудиями труда были лом, кирка, тачка и лопата.
В 1936 году через Катунь построен первый в мире двухканатный висячий мост. А первый железобетонный мост через Катунь на Чуйском тракте построен в Усть-Семе в 1959 году.
Мумии, найденные на плато Укок экспедициями Вячеслава Молодина и Натальи Полосьмак по первым оценкам явно европеоидной расы. Дальнейшие генные исследования показали, что наиболее близки по составу ДНК эти мумии оказались к малочисленному северному народу селькупы фино-угорской группы
В январе 2009 г. 
