В 1980-х годах в Алтайском заповеднике были заложены первые учетные маршруты. Если в 1973 году учетами было пройдено 516 км, то к 1975 году этот показатель достиг рекордной цифры в 2 025 км. В последующие годы показатель составлял от 700 до 1,4 тыс. км. За фоновые виды в Алтайском заповеднике были взяты марал и соболь. В период с 1974 по 1992 годы было вытроплено 63 суточных следа маралов и 108 — соболя. Всего в настоящий момент на территории заповедника учеты проводятся по 11 маршрутам.

При проведении ЗМУ в декабре 2008 года, январе-феврале 2009 года общая протяженность маршрутов составила 1 194 км, что соответствует требованиям мониторинга численности млекопитающих на территории Алтайского заповедника. По данным ЗМУ трех последних лет численность марала только на Яйлинском участке составила 416 (2006 год), 359 (2007 г.) и 368 (2008 г.) особей.
В Алтайском заповеднике с момента создания в 1932 году данные о количестве обитателей того или иного вида собирались с помощью различных методик. Так, в 1936 году количество марала для Алтайского заповедника было определено в 2 тыс. голов, в 1937 году в 1 тыс. голов, в 1959 году в 600—700 голов.

Кроме того, зимние маршрутные учеты позволяют определить состояние численности некоторых видов птиц (рябчика, глухаря, тетерева, куропатки). Данные всех зимних маршрутных учетов в заповеднике обрабатываются и заносятся в один из разделов ежегодника мониторинговых наблюдений «Летопись природы Алтайского заповедника».

При ЗМУ в настоящее время проводится учет марала, лисицы, соболя, норки, белки, горностая, зайца, кабарги, росомахи, колонка, лося.

Для марала и соболя, как фоновых видов заповедника, ежегодно проводится расчет численности для территории участков и территории Алтайского заповедника в целом.